Następnym etapem jego życia była przeprowadzka do Sankt Petersburga, gdzie rozpoczął około 1900 r. studia na Cesarskiej Wojskowej Akademii Medycznej. Podczas ich trwania zainteresował się nim jeden z pionierów rosyjskiej psychiatrii Władimir Michajłowicz Biechtieriew. Młody Bednarz zakończył studia w 1904 r., otrzymując wyróżnienie za osiągnięte wyniki.
Początkowo zajmował się przerzutem bibuły przez granicę fińsko-rosyjską. Później razem z Władysławem Dehnelem starał się pozyskać w Rosji broń i materiały wybuchowe potrzebne w walce o odrodzenie Polski.
Dr Bednarz podjął pracę w szpitalu św. Pantalejmona w Petersburgu, gdzie sprawował funkcję lekarza na jednym z oddziałów. Dodatkowo Biechtieriew umożliwił mu podjęcie pracy w Akademii czyniąc go swoim asystentem. Już na samym początku kariery młody lekarz rokował szanse na osiągnięcie sukcesów. W czasie trwania studiów Bednarz wstąpił w szeregi Polskiej Partii Socjalistycznej, a od 1903 r. włączył się w działania przeciwko caratowi. Początkowo zajmował się przerzutem bibuły przez granicę fińsko-rosyjską. Później razem z Władysławem Dehnelem starał się pozyskać w Rosji broń i materiały wybuchowe potrzebne w walce o odrodzenie Polski.
Działalność na terenie Imperium Rosyjskiego przyczyniła się do jego wyjazdu na teren Królestwa Polskiego, co miało prawdopodobnie miejsce w 1905 r. Władze PPS wyznaczyły mu szczególne zadanie. Udał się do Krakowa leżącego w Austro-Węgrzech. W mieście funkcjonowała tajna akademia dla bojowników PPS, której zadaniem było szkolenie kadr niezbędnych do walki o niepodległość. Józef początkowo był szeregowym słuchaczem, później otrzymał funkcję wykładowcy.
Równolegle do wykładów w krakowskim ośrodku Bednarz rozpoczął w 1906 r. pracę w szpitalu św. Jana Bożego w Warszawie. Był ceniony przez pacjentów i współpracowników. Zawsze miły, serdeczny, rzeczowy. Następnie zmienił miejsce pracy i od 1907 r. związał się ze szpitalem psychiatrycznym w podwarszawskich Tworkach. Cały czas prowadził przy tym działalność konspiracyjną, która polegała na nadzorowaniu produkcji ładunków wybuchowych oraz ich przechowywaniu. Wykorzystywał placówki szpitalne jako punkty przerzutowe broni i zaopatrzenia. W 1908 r. wrócił do Warszawy podejmując pracę w szpitalu św. Jana Bożego. Ostatecznie został aresztowany przez Rosjan 17 III 1908 r.
Był nie tylko lekarzem psychiatrą i renomowanym specjalistą w dziedzinie gazoznawstwa. Jeszcze w czasie pracy na terenie Imperium Rosyjskiego publikował prace z dziedziny praktycznej obrony przed gazami bojowymi oraz prowadził wykłady dla żołnierzy i oficerów.
Wygnanie z Imperium Rosyjskiego, udział w I wojnie światowej
Przeciwko Józefowi Bednarzowi wytoczono proces, podczas którego został osadzony w pawilonie X warszawskiej cytadeli. Wobec fiaska dochodzenia władze zmusiły go do opuszczenia terytorium Królestwa Polskiego, co miało miejsce po niemal roku przetrzymywania w więzieniu. W marcu 1909 r. wyjechał do Austro-Węgier. Tam rozpoczął pracę w sanatorium dla chorych na choroby układu oddechowego w Zakopanem. Jego przełożonym był dr Kazimierz Dłuski, który wyznaczył Bednarzowi funkcję asystenta lekarskiego. Pod koniec 1909 r. otrzymał propozycję pracy w szpitalu psychiatrycznym w Kulparkach nieopodal Lwowa. Został zatrudniony na stanowisku lekarza psychiatry. Przebywał tam do 1912 r., kiedy w nieznanych okolicznościach uzyskał możliwość powrotu na teren Cesarstwa Rosyjskiego.
Po powrocie do Rosji Bednarz rozpoczął pracę w jednym ze szpitali w Sankt Petersburgu. Dodatkowo skierowano go na studia powiązane z wojskowością, co w niedalekiej przyszłości przyniosło mu duże korzyści. Ostatnim miejscem pracy lekarza, w przededniu wybuchu I wojny światowej, był Zarząd Kąpieli Kuracyjnych w Starej Russie, gdzie pełnił funkcję kierownika laboratorium. Wybuch konfliktu spowodował powszechną mobilizację, która nie ominęła również Józefa. Został naczelnym lekarzem wydziału sanitarno-higienicznego VI Korpusu Syberyjskiego, a od 1916 r. naczelnikiem Wydziału Przeciwgazowego Głównego Zarządu Artylerii Armii Rosyjskiej w Moskwie. Po wybuchu rewolucji bolszewickiej przyczynił się do przekazania polskiemu wywiadowi materiałów związanych z gazoznawstwem i obroną przeciwgazową. Od 1918 r. pracował jako laborant w Instytucie Naukowo-Technicznym w Sankt Petersburgu. Podczas konfliktu był dwukrotnie zatruty gazami bojowymi.
Powrót do odrodzonej Polski, działalność na Pomorzu Gdańskim
Do odrodzonej Polski powrócił w październiku 1921 r. Dnia 1 stycznia 1922 r. objął posadę ordynatora oddziału dla kryminalistów z zaburzeniami psychicznymi w szpitalu psychiatrycznym w Tworkach. Tam współpracował m.in. z Witoldem Aleksandrem Łuniewskim jednym z najsłynniejszych polskich psychiatrów. Jego pobyt w Tworkach trwał do września 1927 r. Równolegle do praktyki lekarskiej był pracownikiem Instytutu Badawczego Broni Chemicznej w Warszawie. 1 września 1927 r. został nominowany na stanowisko dyrektora zakładu psychiatrycznego w Kulparkach. W czasie sprawowania przez siebie funkcji Bednarz dał się poznać jako sprawny organizator i zarządca. Współpracę z placówką zakończył pod koniec 1929 r.
W momencie tworzenia niemieckiej administracji pozostał w szpitalu. Przeczuwając, co się wydarzy, próbował ratować swoich pacjentów. Lżej chorych wypisywał do domu lub prosił, aby przyjechali po nich członkowie rodzin. Część z nich została z polecenia dyrektora ukryta w domach personelu pielęgniarskiego.
Na początku lat trzydziestych XX w. przybył na teren Pomorza Gdańskiego. Jego pierwszym miejscem pracy był Grudziądz, gdzie sprawował funkcję ordynatora, otwartego 29 XI 1930 r. oddziału dla więźniów z zaburzeniami psychicznymi, funkcjonującego przy miejskim więzieniu. Otrzymanie w zarząd nowej placówki świadczyło o renomie, jaką posiadał w ówczesnym czasie Józef Bednarz. W dwa lata po objęciu placówki w Grudziądzu, 1 stycznia 1933 r., otrzymał nominację na dyrektora jednego z największych szpitali psychiatrycznych w ówczesnej Polsce – Krajowego Zakładu Psychiatrycznego w Świeciu nad Wisłą. Bednarz w czasie pobytu w ostatniej placówce wprowadził w życie wiele nowych i innowacyjnych metod leczenia pacjentów oraz z dziedziny zarządzania, usprawniających działalność obiektu. Do najważniejszych należało zaliczyć zmianę wyglądu placówki, terapię zajęciową, obowiązkowe szkolenia personelu lekarskiego i pielęgniarskiego oraz leczenie adneksyjne (otwarte).
Józef Bednarz był nie tylko lekarzem psychiatrą i renomowanym specjalistą w dziedzinie gazoznawstwa. Jeszcze w czasie pracy na terenie Imperium Rosyjskiego publikował prace z dziedziny praktycznej obrony przed gazami bojowymi oraz prowadził wykłady dla żołnierzy i oficerów. Po powrocie do odrodzonej ojczyzny rozpoczął publikowanie artykułów i prac z dziedziny psychiatrii. Obejmowały one zakres tematyki stanu szpitalnictwa, psychiatrii kryminalistycznej oraz klinicznej. Wielokrotnie wygłaszał prelekcje na corocznych zjazdach Polskiego Towarzystwa Psychiatrycznego. Był stałym członkiem komitetu redakcyjnego „Rocznika Psychiatrycznego” oraz komisji rewizyjnej PTP. Postulował także zmiany organizacyjne pracy personelu pielęgniarskiego. Dodatkowo był członkiem Polskiego Związku Zachodniego, Ligi Obrony Powietrznej i Przeciwgazowej, Polskiego Czerwonego Krzyża oraz Polskiego Białego Krzyża. W 1932 r. został odznaczony „Krzyżem Niepodległości z Mieczami” za wybitne osiągnięcia oraz walkę o wyzwolenie kraju spod jarzma zaborców. Podczas przebywania na terenie Pomorza Gdańskiego często sprawował funkcje honorowe wchodząc w skład zarządów odpowiedzialnych za organizację świąt patriotycznych takich jak Dzień Rezerwisty, czy narodowych. W czasie klęsk żywiołowych włączano go w skład zarządów kryzysowych.
Wybuch II wojny światowej
Rozpoczęta 1 września 1939 r. agresja niemiecka na Polskę przyczyniła się do zmiany w organizacji szpitalnictwa psychiatrycznego na okupowanych terenach. Naziści krótko po wybuchu wojny wprowadzili w życie dwie akcje eksterminacyjne. Pierwsza z nich opatrzona kryptonimem Intelligenzaktion miała za cel zagładę „polskiej warstwy kierowniczej”. Druga Aktion T-4 czyniła z osób upośledzonych i chorych zbędne elementy niemieckiego społeczeństwa, które z punktu eugenicznego i ekonomicznego należało zabijać. W momencie tworzenia niemieckiej administracji Józef Bednarz pozostał w szpitalu. Przeczuwając, co się wydarzy, próbował ratować swoich pacjentów. Lżej chorych wypisywał do domu lub prosił, aby przyjechali po nich członkowie rodzin. Część z nich została z polecenia dyrektora ukryta w domach personelu pielęgniarskiego. Krótko po tym Bednarz został objęty aresztem domowym i otrzymał kategoryczny zakaz opuszczenia terenu szpitala, nad którym komisaryczny zarząd objął niemiecki lekarz dr Neber.
Wielokrotnie podejmowano próby namówienia Bednarza, żeby ratował siebie i uciekł. Robili to polscy pielęgniarze i lekarze. Na takie rozwiązanie nalegał także dr Neber, który z niewiadomych przyczyn nie chciał zgładzić Bednarza. Były dyrektor odmówił. Nie chciał zostawić pacjentów na pastwę Niemców. Wobec bezskuteczności perswazji, krótko po zamordowaniu psychicznie chorych Bednarz został zabrany do zaimprowizowanego aresztu, który znajdował się w Pawilonie XI Krajowego Zakładu Psychiatrycznego w Świeciu. Stamtąd prawdopodobnie w dniu 11 listopada 1939 r. został załadowany do autobusu i wywieziony w kierunku żwirowni w miejscowości Grupa, gdzie Niemcy go zamordowali.