Wkrótce wszyscy oni przystąpili do akcji. Zatrzymywali Polaków napotkanych na ulicach, wyciągali ich z tramwajów, a nawet z mieszkań, po czym wszystkich kierowali na Plac Stodół. Dołączyli do nich mieszkańcy okolicznych miasteczek i wiosek, również zatrzymani tego ranka. Ogółem zgromadzono około 6 tys. osób. Otoczono ich kordonem policji i ostrzeżono, że każdy przejaw sprzeciwu złamany zostanie siłą.
Na placu już poprzedniego dnia wykonano prace, które dla zebranych mogły być wskazówką, co się ma w tym miejscu wydarzyć. Wykonano szeroki nasyp ziemny i wyrównano przed nim grunt. Około godz. 10 na plac wjechały zakryte ciężarówki i samochody osobowe z niemieckimi dygnitarzami. Z ciężarówek zaczęto wyciągać więźniów; wszyscy mieli skrępowane z tyłu ręce i powiązani byli sznurami w grupach po piętnaście osób. Wkrótce wyjaśnił się cel tych wszystkich przygotowań. Przemówił niemiecki dygnitarz (prawdopodobnie prezes rejencji łódzkiej Friedrich Übelhör), który oznajmił, że w odwet za dwóch zabitych Niemców, rozstrzelanych zostanie stu Polaków.
Stu straconych
Po tych słowach Niemcy przystąpili do egzekucji. Salwy plutonu egzekucyjnego zabijały kolejne piętnastoosobowe grupy więźniów, podprowadzane jedna po drugiej pod nasyp ziemny. W tłumie zmartwiałych z przerażenia Polaków dał się słyszeć szloch i okrzyki przerażenia. Po godzinie było po wszystkim. Niemcy rozstrzelali 98 osób, jedna osoba zmarła podczas transportu na miejsce kaźni, jedną prawdopodobnie wycofano w ostatniej chwili. Zwłoki pomordowanych wywieziono do Lasu Lućmierskiego i pochowano w zbiorowej mogile. Widzów tego makabrycznego spektaklu zwolniono.
Na placu wykonano nasyp ziemny i wyrównano przed nim grunt. Około godz. 10 na plac wjechały zakryte ciężarówki i samochody osobowe z niemieckimi dygnitarzami. Z ciężarówek zaczęto wyciągać więźniów; wszyscy mieli skrępowane z tyłu ręce i powiązani byli sznurami po 15 osób. Wkrótce wyjaśnił się cel tych przygotowań.
Wśród ofiar Zbrodni Zgierskiej znalazło się wiele znanych osób, członków konspiracji niepodległościowej, działaczy społecznych i politycznych zasłużonych dla kraju i regionu łódzkiego, w tym były prezes Stronnictwa Narodowego – Kazimierz Kowalski, znani dziennikarze: Leon Trella i Hieronim Feja, pułkownik Wojska Polskiego Władysław Dzierżyński (brat Feliksa), redaktor konspiracyjnego „Biuletynu Kujawskiego” Jan Nowicki, ksiądz i nauczyciel Stanisław Zaborowicz. Zamordowano również Joannę Mierzyńską, żonę człowieka, którego poszukiwała policja niemiecka na obszarze całej okupowanej Polski.
Akcja żołnierza WP i reakcja okupanta
Egzekucja zgierska była odwetem za czyn sierżanta Wojska Polskiego Józefa Mierzyńskiego, który aresztowany za działalność konspiracyjną w ramach organizacji o nazwie Polska Siła Zbrojna zdołał zbiec, przy okazji kompromitując i ośmieszając niemiecką policję. Podczas przesłuchań w łódzkim gestapo, Mierzyński wyjawił, że gotów jest wskazać Niemcom skrytkę z bronią, znajdująca się w domu przy ul. Długiej w Zgierzu. Gestapowcy połknęli przynętę. Przewieźli Mierzyńskiego pod wskazany adres i zezwolili mu na samodzielne opróżnienie skrytki. Uwolniony z kajdanek Polak oddał w ręce Niemców jeden pistolet, a korzystając z tego, że ci z zaciekawieniem oglądali zdobycz, wyciągnął następny i celnymi strzałami położył trupem dwóch gestapowców: Friedricha Lutze i Kurta Torno. Następnie bez przeszkód opuścił dom i wyjechał do Łodzi, po czym nielegalnie przekroczył granicę Rzeszy i ukrył się na terenie Generalnego Gubernatorstwa.
Czyn Mierzyńskiego postawił na nogi niemieckie służby specjalne w całej Polsce. Wściekli Niemcy robili wszystko, aby schwytać Mierzyńskiego, obmyślili również krwawą zemstę na ludności polskiej. Egzekucja zgierska była tylko jednym, najkrwawszym jej aktem. W rejencji łódzkiej przeprowadzono zakrojoną na szeroką skalę akcję aresztowań, wymierzoną głównie w polską inteligencję oraz byłych podoficerów i oficerów Wojska Polskiego, nawet w tych, którzy nie podejmowali dotąd żadnej działalności konspiracyjnej. Spośród aresztowanych wyselekcjonowano 300 mężczyzn, których w połowie maja 1942 r. wywieziono do obozu w Auschwitz. Wielu tam zginęło. Tragiczny był także los samego sierż. Józefa Mierzyńskiego. Aresztowano go w końcu maja 1942 r. i zamordowano w trakcie okrutnego śledztwa.
Walka o informację
Egzekucja w Zgierzu, jedna z największych na terenie okupowanej Polski, wykonana w obecności wielu tysięcy osób, miała zastraszyć ludność polską, udowodnić jej, że każda próba oporu spotka się z nieuchronną i bezlitosną zemstą okupanta. Paradoksalnie, po jej wykonaniu zapadła jednak cisza. Nie wspomniała o egzekucji prasa łódzka, a Niemcy robili wszystko, aby zatrzeć ślady swej zbrodni. Okłamywali rodziny rozstrzelanych, podając nieprawdziwe informacje o powodach ich zniknięcia. Ofiary pochowano w tajemnicy, w zbiorowej, leśnej mogile. Pod koniec okupacji oprawcy wydobyli ciała z grobu i je spalili.
Tę zastanawiającą niekonsekwencję trudno jednoznacznie wyjaśnić. Prawdopodobnie Niemcy uznali, że szerokie rozpowszechnianie wieści o tak wielkiej egzekucji może być niekorzystne w dłuższej perspektywie czasowej. Być może obawiali się, że wieści o masowej zbrodni na cywilach przenikną poza granice Rzeszy i staną się wygodnym orężem w propagandzie Aliantów.
Najwidoczniej nie docenili polskiej konspiracji, która zrobiła wszystko, aby świat dowiedział się o Zbrodni Zgierskiej. Miejscowa organizacja Szarych Szeregów już w dniu egzekucji sporządziła meldunek na ten temat, który dotarł do szczebli dowódczych Okręgu Łódzkiego Armii Krajowej. W kwietniu informacja o Zbrodni opublikowana została w konspiracyjnym „Biuletynie Kujawskim”, wspomniało o niej największe pismo konspiracyjne w Polsce – „Biuletyn Informacyjny”. Obszerną notatkę na ten temat zamieszczono także w numerze z 8 czerwca „Informacji Bieżącej” Departamentu Informacji i Dokumentacji działającego w ramach Delegatury Rządu RP na Kraj. O tragicznym wydarzeniu poinformowano Rząd Polski na uchodźstwie. 24 czerwca 1942 r. premier Władysław Sikorski rozpoczął posiedzenie Rady Ministrów od złożenia hołdu „pamięci ofiar ostatnich mordów niemieckich w Polsce”. Wyrażając uczucia wszystkich członków rządu, złożył ministrowi Marianowi Seydzie, reprezentującemu w gabinecie Stronnictwo Narodowe, wyrazy głębokiego współczucia z powodu zamordowania Kazimierza Kowalskiego, byłego prezesa SN.
„Z krwi męczeńskich bohaterów, którzy giną w kraju za święta sprawę – mówił premier – powstanie Polska, wolna, która nie zapomni im ofiar i pomści ich krzywdy”.
Rząd polski pod wpływem napływających z kraju meldunków o zbrodniach niemieckich, podjął akcję informowania światowej opinii publicznej o bestialstwach okupanta. Ukazał się cały szereg publikacji w języku polskim i angielskim ze szczegółowymi opisami popełnianych w Polsce przestępstw. Informacje o wydarzeniach w Zgierzu zamieszczono w The Black Book of Poland opublikowanej w Nowym Jorku. Publikacja omawiana była przez największe dzienniki amerykańskie.
Bezkarność katów
O Zbrodni Zgierskiej dowiedzieli się również mieszkańcy Niemiec. Jesienią 1942 r. samoloty alianckie kilkakrotnie zrzucały nad terytorium Niemiec ulotkę, w której znalazła się informacja o egzekucji Polaków w Zgierzu. Zapowiedziano w niej, że winni zostaną ukarani.
Niestety, zapowiedzi tej nigdy nie zrealizowano. Szef łódzkiego gestapo Herbert Weygand po wojnie ukrył się w Hiszpanii. Prezes rejencji łódzkiej Übelhör zaginął pod koniec wojny. Uniknęli odpowiedzialności również inni sprawcy tego mordu, wobec których prokuratura w Republice Federalnej Niemiec, zasłaniając się względami formalnymi, odmówiła wszczęcia śledztwa. W styczniu 1975 r. prokuratura w Stuttgarcie poinformowała Główną Komisję Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce, iż postępowanie przygotowawcze wobec sprawców Zbrodni: Erwina Kauttera, Herberta Weyganda, Güntera Fuchsa i Friedricha Übelhöra zostało zawieszone na skutek przedawnienia.