Mocą ustaleń konkordatu z 1926 roku w okresie II Rzeczpospolitej klerycy wyższych seminariów duchownych, podobnie jak inni studenci wyższych uczelni, nie byli powoływani do wojska. Pomimo jego zerwania w 1945 roku komuniści tolerowali te zapisy, które dodatkowo potwierdzono w Porozumieniu Rządu i Episkopatu w 1950 roku.
Jednak – podobnie jak wiele innych przepisów czy ustaleń – przestali je respektować. Już w 1955 roku po raz pierwszy na większą skalę do wojska powołano 72 kleryków, niemal wszystkich z Siedlec (oraz po dwóch z Kielc i Sandomierza). Była to jawna represja, skierowana wobec tamtejszych biskupów, którzy w jakiś sposób narazili się władzom. Przez niemal cały okres Peerelu komuniści wielokrotnie stosowali podobne kary wobec hierarchów i księży, którzy nie chcieli się im podporządkować.
W 1956 roku i kolejnych dwóch latach nie powrócono do tego procederu ze względu na przemiany, jakie się dokonywały w kraju w związku z końcem stalinizmu i odwilżą Października ’56. Wtedy też uwolniono prymasa Polski, kardynała Stefana Wyszyńskiego, a Kościół w Polsce odzyskał wiele utraconych pozycji. Przede wszystkim mógł podjąć szerszą niż dotychczas działalność duszpasterską, między innymi w ramach przygotowań do obchodów Milenium Chrztu Polski. Na tym tle komuniści rozpoczęli nową falę polityki antykościelnej.
Jednym z jej elementów była próba osłabienia wyższych seminariów duchownych. Przestano uznawać je za uczelnie wyższe i próbowano narzucić im nadzór państwowy. Powrócono również do powoływania kleryków do wojska. Pierwszy po przerwie pobór nastąpił w 1958 roku, choć znów miał charakter wyłącznie represyjny – wcielając do służby zasadniczej 93 kleryków ukarano biskupów w Kielcach, Łomży oraz Olsztynie za ich „brak lojalności” wobec państwa. Od 1959 roku służba wojskowa alumnów miała już wyznaczone konkretne cele i była oparta o szczegółowe wytyczne. Przestała być wyłącznie karą dla wybranych hierarchów.
Najważniejszym celem powoływania kleryków do wojska było ich zniechęcenie do kontynuowania studiów kapłańskich. Cytując wypowiedzi oficerów politycznych, chodziło po prostu o wybicie im z głowy powołań. Z jednej strony miało to być bezpośrednie zachęcenie alumna–żołnierza do porzucenia nauki w seminarium; z drugiej było to działanie prewencyjne i odstraszające dla potencjalnych kandydatów do seminariów poprzez uświadomienie im, że alumnów nie omija wojsko (a innych studentów tak). Co więcej, poprzez wzmożoną indoktrynację takich rekrutów chciano zmniejszyć wrogość przyszłych księży do systemu.
Próbowano to osiągnąć na różne sposoby, przede wszystkim poprzez wzmożone działania indoktrynacyjne i pracę polityczno-wychowawczą. O wiele częściej organizowano im zajęcia polityczne niż ćwiczenia fachowe czy fizyczne. Prowadzono liczne wykłady, agitowano na rzecz komunizmu oraz przeciwko Kościołowi. Alumnom prezentowano filmy propagandowe, codziennie musieli oni też obowiązkowo oglądać „Dziennik Telewizyjny”. Nie szczędzono im przy tym wyniszczającej musztry i ćwiczeń bojowych; wykorzystywano do różnych prac budowlanych i akcji żniwnych.
Ściśle reglamentowano wydawanie im przepustek, co służyło rozbiciu ich jedności (częściej otrzymywali je bardziej ulegli, poddający się presji), a także izolacji kleryków od świata zewnętrznego, w tym szczególnie od kontaktów z seminarium. W niedziele i święta w ogóle nie wydawano przepustek albo czyniono to tylko popołudniami, gdy większość nabożeństw w okolicznych kościołach już się odbyła. W takie dni zresztą zazwyczaj organizowano wyjścia do kina lub urządzano innego rodzaju atrakcje.
W koszarach zakazywano prowadzenie modlitw, a za ich kontynuowanie – czyli niewykonywanie rozkazu zaprzestania – nierzadko karano. W ogóle trzeba wspomnieć, że całe ówczesne wojsko było silnie zlaicyzowane, a dostęp do księży dla zwykłego żołnierza był bardzo utrudniony.
Alumnom nie pozwalano posiadać więcej niż dwie książki, przy czym często były to Pismo Święte i modlitewnik. Ci, którzy w czasie służby chcieli się uczyć, by nie stracić cennego czasu i kontaktu z seminarium, musieli ukrywać inne wydawnictwa, w tym różne skrypty do nauki.
Próbowano ich demoralizować, wysyłano na różnego rodzaju zabawy z kobietami, wielokrotnie poddawano pokusom. Podobny charakter miały rozmowy prowadzone z nimi przez oficerów kontrwywiadu, którzy starali się zmuszać ich do donosicielstwa, używając szantażu. W szeregi kleryków–żołnierzy wprowadzano też swoich agentów, którzy jawnie postępowali w sposób niemoralny i próbowali rozbijać jedność grupy.
Warto wspomnieć, że pewną negatywną rolę w całym procederze odgrywali kapelani wojskowi, którzy w tamtych czasach bardziej służyli świeckim władzom wojskowym, aniżeli kościelnym. Ich pogadanki wygłaszane podczas spotkań z alumnami nierzadko niewiele się różniły od wykładów politruków. Z drugiej jednak strony kontakty z nimi były dla kleryków i żołnierzy w ogóle rzadką okazją do przyjęcia sakramentów świętych.
Statystyki
Służbę wojskową alumnów w okresie PRL dzieli się na trzy zasadnicze okresy. Pierwszy to lata 1955 i 1958–1964, które można nazwać „diasporą klerycką”, bowiem wcielanych rozlokowywano pojedynczo w jednostkach w całym kraju. Okazywało się jednak, że taki sposób nie osłabia alumnów, a wręcz przeciwnie – z perspektywy władz szkodzi samemu wojsku. Wykształcenie i wysoki poziom kulturalno-moralny wyróżniał tych żołnierzy w ich jednostkach, skutkując nieraz wsparciem otrzymywanym przez nich od kadry zawodowej, jeszcze nieświadomej celów politycznych wobec nich.
Drugi okres, lata 1964–1966, to czas eksperymentów – kleryków wcielano do specjalnych, eksperymentalnych „kompanii kleryckich” ulokowanych na tak zwanych Ziemiach Odzyskanych: w Gdańsku, Szczecinie i Opolu, następnie w Bartoszycach, Brzegu i Kołobrzegu. Nad alumnami pracowali specjalnie dobrani i przygotowani oficerowie, którzy mieli jasno sprecyzowany cel, jakim było łamanie powołań kapłańskich. Co więcej, do kompani przydzielano też specjalnie wytypowanych „świeckich” żołnierzy, rekrutujących się między innymi z komunistycznych organizacji młodzieżowych.
Trzeci okres, zasadniczy, to lata 1966–1980, kiedy istniały tylko trzy jednostki dla alumnów, konkretnie Szkolne Bataliony Ratownictwa Terenowego: 54. w Bartoszycach (JW 4413), 55. w Szczecinie-Podjuchach (JW 4422) i 56. w Brzegu nad Odrą (JW 4446). Najbardziej znanym żołnierzem bartoszyckiej jednostki był błogosławiony ksiądz Jerzy Popiełuszko.
Szacuje się, że do wojska powołano blisko 3000 alumnów, choć jest to liczba niepewna. Najwięcej wcielono ich w drugiej połowie lat sześćdziesiątych, co było spowodowane silnym napięciem stosunków państwa i Kościoła w związku z konfrontacją milenijną, czyli kościelnymi obchodami Milenium Chrztu Polski i państwowymi Tysiąclecia Państwa Polskiego. Rekordowy był rok 1968, gdy do wojska powołano prawie 300 kleryków z całego kraju. Wyraźny spadek liczby wcielanych, a także powolne osłabianie tej antykościelnej represji, następowały od połowy lat siedemdziesiątych. W 1973 roku zlikwidowano jednostkę w Szczecinie, w 1979 w Brzegu. W 1979 wcielono też ostatnich kleryków, by w kwietniu 1980 roku zwolnić ich wszystkich. Było to skutkiem wieloletnich zabiegów Episkopatu Polski i samego prymasa Wyszyńskiego.
Skutek
Działania władz PRL wielokrotnie przynosiły odwrotny od zamierzonego skutek, na przykład gdy antykościelna propaganda przyczyniała się do… wzrostu popularności Kościoła. Nie inaczej było w opisanym przypadku. Choć władze wojskowe przypisywały sobie sukcesy w postaci rezygnacji wielu kleryków z dalszej nauki w seminariach, badacz tego zagadnienia ksiądz Adolf Setlak ustalił, że ich procent wcale nie był wysoki i w sumie we wszystkich tych latach wynosił około 4–5, przy czym co roku z seminarium odchodziło 10–30 procent. Paradoksalnie służba wojskowa kleryków i szeroko zakrojone działania komunistów przyczyniły się do odsiania z ich szeregów jednostek słabych, pozostałych zaś zahartowały na następne lata. Ich służba w Ludowym Wojsku Polskim okazała się zatem swoistą próbą charakteru i testem dla powołania.