Dwa i pół roku po przewrocie majowym prezydent Ignacy Mościcki po upływie kadencji rozwiązał parlament i zarządził nowe wybory: do sejmu – 4 marca 1928 r., do senatu – tydzień później. Stan zdrowia i liczne obowiązki sprawiły, że Daszyński, wytrawny mówca wiecowy i trybun ludowy, tym razem nie prowadził w swoim okręgu (tradycyjnie krakowskim) właściwie żadnej kampanii wyborczej, a mimo to uzyskał aż 77 470 głosów. PPS powiększył liczbę mandatów do 64 (52 w okręgach, 12 z listy państwowej) Bezpartyjny Blok Współpracy z Rządem wprawdzie zwyciężył, lecz w sejmie miał tylko niespełna 30 proc.
Krytykując język i sposób postępowania Marszałka, [Daszyński] cały czas jednak traktował go z szacunkiem, jako człowieka „otoczonego legendą najcudniejszą, jaką około jednostek może osnuć wdzięczność i najgłębszy podziw mas”.
Pierwsza poważna batalia między obozem sanacyjnym a opozycją rozegrała się już pierwszego dnia obrad parlamentu. Stawką było kluczowe – przy ówczesnym rozkładzie sił – stanowisko marszałka sejmu. Rząd niedwuznacznie dał do zrozumienia, jakie metody mogą znaleźć zastosowanie w praktyce sejmowej, gdy uzbrojeni policjanci wyprowadzili z sali obrad posłów komunistycznych przerywających inauguracyjne przemówienie marszałka seniora. BBWR wysunął na to stanowisko powszechnie poważanego profesora Kazimierza Bartla, PPS zaś – Ignacego Daszyńskiego. Mimo zakulisowych nacisków rządowych, mimo ledwo zawoalowanych ostrzeżeń, że kandydując, może się narazić „na nieprzyjemności”, Daszyński nie ustąpił, kandydatury nie wycofał. „Samo nazwisko Daszyńskiego jest sztandarem” – pisał „Dziennik Lwowski”, a towarzysze partyjni zapewniali go, że stoi za nim wszystko, co najlepsze w Polsce. Wystarczyły dwie tury głosowania, w drugiej profesor Bartel otrzymał 141 głosów, Daszyński zaś 206, czyli 54,4 proc. W ten sposób 27 marca 1928 r. sześćdziesięciodwuletni polityk-socjalista został wybrany na marszałka sejmu – szykował się do nieuchronnej wojny z rządem i Piłsudskim. Sam Daszyński jednak w swej pierwszej mowie jako marszałek sejmu z mocą stwierdził, że zamierza być obiektywny, bezstronny i ze wszystkich sił strzec powagi sejmu:
„Polityki marszałkowskiej i żadnej innej uprawiać nie będę. Polityka jest rzeczą walczących często ze sobą stronnictw, ale nigdy marszałka sejmu”.
Z autentycznym szacunkiem traktował Piłsudskiego – po wyborze złożył mu oficjalną wizytę, Piłsudski zaś marszałka sejmu rewizytował.
Powoli dawały znać o sobie lata żywienia się chlebem i herbatą, chodzenia w dziurawych butach, mieszkania w chłodzie i wilgoci. Brat i siostra Ignacego Daszyńskiego zmarli na gruźlicę, on sam nieraz gorączkował i niebezpiecznie zapadał na zdrowiu. Nigdy się nie oszczędzał, dni, noce, miesiące i lata wypełniała mu praca ponad siły jednego człowieka. Będąc u szczytu swej kariery politycznej, mimo ledwie przekroczonej sześćdziesiątki Daszyński zaczął tracić siły, choć wciąż wyglądem, głosem i zachowaniem onieśmielał mężczyzn i przyciągał kobiety. Stanisław Cat-Mackiewicz dzień po śmierci Daszyńskiego opublikował swoje wspomnienie o nim z czasów marszałkowania:
„Był to już »kościsty« starzec, wciąż o płomiennym wejrzeniu oczu. Wyglądał na starca kapryśnego i surowo przestrzegającego dla siebie wszelkich względów. Rzadko odzywał się z trybuny, ale każde jego odezwanie pokazywało to, co się nazywa lwi pazur. Sarkazmem, ironią w połączeniu z patosem i szlachetnym dźwiękiem głosu gniótł przeciwnika jak świecę woskową”.
Jako marszałek sejmu Daszyński zapisał się jednak w pamięci wszystkich – i sympatyków, i przeciwników – jako człowiek koncyliacyjny, dążący do sprawiedliwego i obiektywnego traktowania posłów bez względu na ich przynależność partyjną, jako obrońca niezależności sejmu i posłów.
Sam Daszyński jednak w swej pierwszej mowie jako marszałek sejmu z mocą stwierdził, że zamierza być obiektywny, bezstronny i ze wszystkich sił strzec powagi sejmu: „Polityki marszałkowskiej i żadnej innej uprawiać nie będę. Polityka jest rzeczą walczących często ze sobą stronnictw, ale nigdy marszałka sejmu”.
Napięcie między „olbrzymem z Belwederu” a sejmem i jego marszałkiem narastało stopniowo. Latem 1928 r. Piłsudski udzielił słynnego wywiadu dla „Głosu Prawdy”, w którym zaostrzył jeszcze retorykę antyparlamentarną. Mówił o „sejmie ladacznic suwerennych”, pełnym „świń i łajdaków”, których ma ochotę „bić i kopać”. Na początku następnego roku sejm zredukował fundusz dyspozycyjny ministra spraw wewnętrznych pod zarzutem, że BBWR w sposób nielegalny czerpał z niego środki na kampanię wyborczą. Następnie parlament zdecydował o postawieniu przed Trybunałem Stanu Gabriela Czechowicza, ministra skarbu w rządzie kierowanym przez Piłsudskiego, za przekazanie bez uzgodnień z sejmem 8 milionów złotych na fundusz reprezentacyjny premiera (pieniądze te również wydatkowano na rzecz BBWR).
Piłsudski odpowiedział w prasie w artykule Dno oka, czyli wrażenia człowieka chorego z sesji budżetowej w Sejmie, gdzie zaatakował polski parlamentaryzm. Daszyński odniósł się do tego spokojnie i zdecydowanie. Ubolewał, że lata niewoli, upodlania, niszczenia dumy i poniżania kultury polskiej pozostawiły swój ślad w mentalności Polaków, że od serwilizmu, chciwości i egoizmu nie są wolni również i posłowie. Odrzucał jednak metodę wychowywania narodu przy pomocy obelg, kija i bata. Krytykując język i sposób postępowania Marszałka, cały czas jednak traktował go z szacunkiem, jako człowieka „otoczonego legendą najcudniejszą, jaką około jednostek może osnuć wdzięczność i najgłębszy podziw mas”. Z tego powodu poprosił o rozmowę z Piłsudskim, oferując mu kompromis zmierzający do stworzenia większości parlamentarnej zdolnej do sprawnego rządzenia krajem, a przede wszystkim do zmiany konstytucji, której wady objawiły się wyraźnie w ciągu ostatnich lat.
Spotkanie to stało się pretekstem do ataków na marszałka sejmu ze strony lewicowych radykałów z PPS i PSL „Wyzwolenie”. Zarzucającym mu nadmierną ugodowość i wręcz zdradę socjalizmu Daszyński odpowiedział spokojnie:
„Nie mam armat do dyspozycji ani nie sądzę, że krwi przelewem należało poprawiać rozpaczliwą sytuację gospodarczą i polityczną”.
We wrześniu premier Kazimierz Świtalski zasugerował Daszyńskiemu, że spotkanie delegacji sejmowej z Piłsudskim i przedstawicielami rządu może się odbyć w siedzibie Rady Ministrów. Czuły na punkcie godności sejmu i swojej jako jego marszałka, Daszyński odpowiedział, że jedynym możliwym miejscem spotkania jest budynek sejmu. Na pewno nie przypuszczał, jaki będzie przebieg tego spotkania.
Daszyński zaś, który swą postawą w sporze z Piłsudskim zdobył sobie wielki autorytet, był nieustannie atakowany przez brukowce oraz ludzi sanacji, sam Piłsudski nazwał go wariatem. Przez tych kilka miesięcy Daszyński postarzał się o kilka lat.
Jesienna (budżetowa) sesja sejmu miała się decyzją prezydenta rozpocząć 31 października, jej otwarcie marszałek zaplanował na godzinę 16.00. Nieco wcześniej do sejmowego holu zaczęli przybywać oficerowie z paradnymi szablami i bronią krótką. Zjawiło się ich dobrze ponad stu. Tuż przed 16.00 przybył Józef Piłsudski w asyście generała Felicjana Sławoja-Składkowskiego i pułkownika Józefa Becka. Straż marszałkowska wezwała żołnierzy do opuszczenia budynku, ale ci nie zareagowali. Marszałek sejmu miał tylko jedno wyjście – wezwał ministra Składkowskiego i poinformował go, że z powodu nieuprawnionej obecności uzbrojonych wojskowych sesji sejmu nie otworzy. Kwadrans później decyzję Daszyńskiego potwierdził Konwent Seniorów. Po 17.00 do gabinetu marszałka wkroczył Piłsudski wraz z Beckiem i Składkowskim. „Po co robi pan te hece? Czy ja mam długo czekać na otwarcie sejmu? Czemu pan nie otwiera sejmu? Co znaczą te hece?” Nie wiadomo, jakich dokładnie słów użył w odpowiedzi Daszyński, czy powiedział coś o bagnetach i karabinach, czy też o rewolwerach i szablach. Wedle komunikatu kancelarii sejmu jego odpowiedź brzmiała: „Pod szablami i rewolwerami nie otworzę posiedzenia!”. Piłsudski walnął pięścią w stół i rzucił w stronę marszałka: „Dureń!”. Daszyński nie dał się sprowokować i powtórzył spokojnie swoje oświadczenie.
W ten sposób, w gniewie i obelgach, po ponad dwudziestu latach skończyła się zażyłość dwóch ojców polskiej niepodległości. Nawet na prośbę prezydenta Mościckiego, proponującego spotkanie Daszyńskiego i Piłsudskiego u siebie, na Zamku, marszałek sejmu odpisał:
„Z Panem Marszałkiem Piłsudskim rozmawiać poza sejmem nie będę. Na obelgi odpowiadam spokojną pogardą. Cieszę się, mogąc donieść Panu Prezydentowi, że podobnie jak ja o obelgach padających z ust dygnitarzy zaczynają myśleć i czuć miliony Polaków”.
Możliwości działania marszałka sejmu i opozycji parlamentarnej się wyczerpały. Prezydent zwoływał sesje sejmu i natychmiast je odraczał. Daszyński zaś, który swą postawą w sporze z Piłsudskim zdobył sobie wielki autorytet, był nieustannie atakowany przez brukowce oraz ludzi sanacji, sam Piłsudski nazwał go wariatem. Przez tych kilka miesięcy Daszyński postarzał się o kilka lat. Serce dokuczało mu coraz bardziej, nie zjawił się nawet 29 czerwca 1930 r. w Krakowie, gdzie partie opozycyjne na Kongresie Obrony Prawa i Wolności Ludu powołały Centrolew. Wysłał tylko okolicznościowy telegram, który odczytany podczas wiecu, wywołał burzliwe oklaski. Choroba nie pozwalała Daszyńskiemu podróżować, nie przeszkadzała mu jednak odpowiadać z pasją na gazetowe paszkwile i z godnością reprezentować polski sejm podczas uroczystości.
Fragment opisu biograficznego z książki Tomasza Panfila Ignacy Daszyński 1866–1936, Warszawa 2018